Javier Mendoza Panaitolikos è sceso in campo nella maggior parte delle gare della sua squadra in Super League 1 nel 2020/2021, avendo collezionato 23 presenze, per un totale di 883 minuti. É partito titolare in 9 presenze su 33 giornate ed è stato utilizzato frequentemente come subentrato, in 14 occasioni.
Mendoza ha giocato la sua ultima gara il 15 maggio, con Panaitolikos: un pareggio per 2-2 contro OFI, in cui ha giocato 29 minuti. In totale il centrocampista ha segnato 1 gol in questa stagione; ha inoltre fornito 1 assist.
Il suo primo gol nel campionato è arrivato in una sconfitta 2-1 contro Panathinaikos il 29 novembre.
Mendoza ha giocato 3 partite di Liga Profesional Argentina nell'ultima stagione con Huracán.
Mendoza ha iniziato la sua esperienza con Panaitolikos nell'agosto 2020, mentre prima giocava con Huracán, con cui ha collezionato 9 presenze in campionato, con 1 assist fornito.