Ludek Pernica è un difensore Zbrojovka Brno che ha giocato 23 gare in Czech Liga in questa stagione, con 4 di queste che sono state per la sua attuale squadra. Ha giocato anche per Viktoria Plzeň durante la stagione 2020/2021.
La sua ultima presenza nella competizione è stata il 29 maggio, partita in cui ha giocato 90 minuti con la maglia Zbrojovka Brno contro Sparta Praha, nella sconfitta per 6-1. In totale il difensore ha realizzato 4 reti in questa stagione - terzo a pari merito tra i giocatori della sua squadra.
Il suo ultimo gol nella competizione è stato nella sconfitta per 3-2 contro Mladá Boleslav, l'8 maggio. Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro Mladá Boleslav il 16 gennaio, con una rete nel pareggio 1-1.
Nella passata stagione di Czech Liga Pernica è sceso in campo in 17 partite con Viktoria Plzeň, gare in cui ha segnato 2 gol.
Il difensore è tornato a giocare con Zbrojovka Brno nel luglio 2018 dopo un'esperienza in prestito con Viktoria Plzeň, con cui ha collezionato 46 presenze in campionato, con 3 gol segnati.