Dopo aver guidato l'under 19 dell'Hoffenheim, Nagelssman passa alla guida della prima squadra e ottiene il titolo di "allenatore tedesco dell'anno"
Con l'Hoffenheim vive quattro stagioni dopo essere subentrato nel 2016. Porta due volte la squadra in Champions League
Nel 2019 passa al Lipsia, dove ottiene un secondo e un terzo posto
