Milos Ninkovic è un centrocampista del Western Sydney Wanderers che è sceso in campo nella maggior parte delle partite della sua squadra in A-League Men nel 2023/2024, avendo collezionato 14 presenze, per un totale di 403 minuti. É partito titolare in 3 presenze su 27 giornate ed è stato utilizzato frequentemente come subentrato, in 11 occasioni.
Ninkovic ha giocato la sua ultima gara il 27 aprile, con Western Sydney Wanderers: una vittoria per 4-3 contro Melbourne Victory, in cui ha giocato 21 minuti.
Nell'ultima stagione con Western Sydney Wanderers in A-League Men Ninkovic ha collezionato 21 presenze, gare in cui ha fornito 6 passaggi vincenti.
Prima di arrivare a vestire la maglia del Western Sydney Wanderers nel luglio 2022, Ninkovic ha collezionato 181 presenze in campionato con Sydney, per un totale di 35 reti e 30 assist.