Agustín Marchesín del Boca Juniors è sceso in campo nella maggior parte delle gare del suo club in Liga Profesional Argentina nel 2025, avendo collezionato 33 presenze, per un totale di 2970 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in tutte le 33 presenze, su 36 giornate.
Marchesín ha giocato la sua ultima partita il 30 novembre, con il Boca Juniors: una vittoria per 1-0 contro l'Argentinos Juniors, in cui ha giocato 90 minuti e mantenuto la porta inviolata. Il portiere del Boca Juniors ha collezionato 17 clean sheet in questa stagione, che è il secondo miglior risultato nella competizione, a pari merito.
Nell'ultima stagione con il Grêmio Marchesín ha collezionato 70 presenze di Serie A e Gaúcho 1, gare in cui ha mantenuto 10 volte la porta inviolata.
Prima di arrivare a vestire la maglia del Boca Juniors nel gennaio 2025, il portiere ha collezionato 70 presenze in campionato con il Grêmio.