Francisco Álvarez del Argentinos Juniors ha giocato la maggior parte delle partite del suo club in Liga Profesional Argentina nel 2025, avendo collezionato 32 presenze, per un totale di 2864 minuti. É partito titolare in tutte le 32 presenze, su 36 giornate.
La sua ultima partita in Liga Profesional Argentina è stata il 30 novembre, partita in cui ha giocato 90 minuti con la maglia del Argentinos Juniors contro il Boca Juniors, nella sconfitta per 1-0. In totale il difensore ha registrato 3 assist in questa stagione - terzo a pari merito per il suo club. Ha ricevuto 6 cartellini gialli, oltre a essere stato espulso 2 volte.
Álvarez ha giocato 35 partite di Liga Profesional Argentina nell'ultima stagione con l'Argentinos Juniors, gare in cui ha realizzato 2 gol.
Prima di arrivare a vestire la maglia del Argentinos Juniors nel gennaio 2024, Álvarez ha collezionato 40 presenze in campionato con Barracas Central, per un totale di 5 gol.