Giovanni Bonfanti è un difensore del Pisa che ha giocato nella maggior parte delle gare della sua squadra in Serie B nel 2024/2025, avendo collezionato 22 presenze, per un totale di 1719 minuti. É partito titolare in 21 presenze su 37 giornate ed è subentrato 1 volta.
Bonfanti ha giocato la sua ultima partita il 13 maggio, con il Pisa: una vittoria per 2-1 contro la Cremonese, in cui ha giocato 90 minuti. In questa stagione il difensore ha fornito 1 assist.
Nella passata stagione di Serie A Bonfanti è sceso in campo in 2 partite con l'Atalanta.
Il difensore ha iniziato la sua esperienza in prestito con il Pisa nell'agosto 2024. In precedenza giocava per l'Atalanta, per cui ha collezionato 2 presenze in campionato, dopo aver raggiunto il club nell'agosto 2023, mentre prima giocava per Atalanta II.