Juan Mosquera è un difensore del Portland Timbers che ha giocato la maggior parte delle partite del suo club in MLS nel 2025, avendo collezionato 32 presenze, per un totale di 2551 minuti. É partito titolare in 29 di queste presenze, su 38 giornate, ed è entrato a gara in corso 3 volte.
L'ultima presenza di Mosquera nella competizione è stata il 9 novembre, gara in cui ha giocato 35 minuti con la maglia del Portland Timbers contro San Diego, nella sconfitta per 4-0. Sfortunatamente sia per Mosquera che per i Portland Timbers, ha ricevuto un cartellino rosso nel match. In totale il difensore ha realizzato 1 gol nel 2025; ha inoltre fornito 2 assist.
Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro i San Jose Earthquakes il 13 giugno, avendo segnato nel pareggio 1-1.
Nella passata stagione di MLS Mosquera è sceso in campo in 35 partite con i Portland Timbers, realizzando 1 gol e fornendo 4 assist.
Prima di arrivare a vestire la maglia del Portland Timbers nel luglio 2022, il difensore ha collezionato 48 presenze in campionato con Independiente Medellín, per un totale di 3 reti e 3 assist.