Santiago Núñez del Estudiantes ha giocato la maggior parte delle partite della sua squadra in Liga Profesional Argentina nel 2025, avendo collezionato 28 presenze, per un totale di 2264 minuti. É partito titolare in 24 di queste presenze, su 35 giornate, ed è entrato a gara in corso 4 volte.
La sua ultima partita in Liga Profesional Argentina è stata il 29 novembre, partita in cui ha giocato 90 minuti con la maglia del Estudiantes contro il Central Córdoba, nella vittoria per 1-0. In totale il difensore ha segnato 1 rete in questa stagione. Ha ricevuto 11 cartellini gialli, oltre a essere stato espulso 1 volta.
Il suo primo gol nel campionato è arrivato in una sconfitta 2-1 contro il River Plate il 13 settembre.
Núñez ha giocato 10 partite di Liga MX nell'ultima stagione con il Club Santos Laguna.
Prima di cominciare l'esperienza con l'Estudiantes nel gennaio 2025, Núñez ha collezionato 24 presenze in campionato con il Club Santos Laguna.