Moussa Niakhaté è un difensore del Lione che ha giocato la maggior parte delle partite del suo club in Ligue 1 nel 2025/2026, avendo collezionato 32 presenze, per un totale di 2757 minuti. É partito titolare in 30 di queste presenze, su 34 giornate, ed è entrato a gara in corso 2 volte.
La sua ultima presenza nella competizione risale al 17 maggio, partita in cui ha giocato 90 minuti con la maglia del Lione contro il Lens, nella sconfitta per 4-0. In totale il difensore ha registrato 2 assist in questo campionato.
Nell'ultima stagione con il Lione in Ligue 1 Niakhaté ha collezionato 31 presenze.
Il difensore è passato a giocare con il Lione nel luglio 2024, mentre prima giocava con il Nottingham Forest, con cui ha collezionato 35 presenze in campionato, con 1 gol segnato.
Il 12 agosto 2017 Niakhaté ha debuttato in Ligue 1 con il Metz, all'età di 21 anni e 157 giorni, contro il Bordeaux. La prima presenza con la sua attuale squadra, il Lione, in Ligue 1 è stata nella sfida contro il Rennes il 18 agosto 2024.
In generale, in Ligue 1, ha collezionato 98 presenze con un gol segnato con 3 assist per i compagni.