Il difensore della Fiorentina Nikola Milenkovic ha giocato nella maggior parte delle partite del club in Serie A nel 2022/2023, avendo collezionato 27 presenze, per un totale di 2134 minuti. É partito titolare in 23 presenze su 38 giornate ed è entrato 4 volte.
Il difensore ha giocato la sua ultima gara il 27 maggio, con la Fiorentina: una vittoria per 2-1 contro la Roma, in cui ha giocato 45 minuti. In totale il difensore ha segnato 2 reti nel 2022/2023; ha inoltre fornito 1 assist. Ha ricevuto 4 cartellini gialli.
É stato contro la Sampdoria il 6 novembre che Milenkovic ha segnato il suo ultimo gol, nella vittoria per 2-0. Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro lo Spezia il 30 ottobre, avendo realizzato una rete nella vittoria per 2-1.
Milenkovic ha giocato 34 partite di Serie A nell'ultima stagione con la Fiorentina, gare in cui ha realizzato 1 gol.
Prima di arrivare a vestire la maglia della Fiorentina nel luglio 2017, Milenkovic ha collezionato 36 presenze in campionato con Partizan, per un totale di 3 gol.
Il 22 dicembre 2017 Milenkovic ha debuttato in Serie A, all'età di 20 anni e 71 giorni contro il Cagliari. Finora in Serie A, ha collezionato 182 partite, con 14 gol e 2 assist.