Il difensore del Tijuana Rafael Fernández è sceso in campo nella maggior parte delle gare della sua squadra in Liga MX nel 2025/2026, avendo collezionato 33 presenze, per un totale di 2891 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in tutte le 33 presenze, su 37 giornate.
Fernández ha collezionato la sua ultima presenza il 22 aprile, con il Tijuana: una vittoria per 3-1 contro il Pachuca, in cui ha giocato 84 minuti. Sfortunatamente sia per Fernández che per il Tijuana, ha ricevuto un cartellino rosso nel match. In totale il difensore ha realizzato 1 gol nel 2025/2026; ha inoltre offerto 3 assist. Ha ricevuto 7 cartellini gialli, oltre a essere stato espulso 1 volta.
Il suo primo gol nel campionato è arrivato in una vittoria 5-0 contro il León il 19 settembre.
Nella passata stagione di Liga MX Fernández è sceso in campo in 29 partite con il Tijuana.
Prima di cominciare l'esperienza con il Tijuana nel giugno 2023, Fernández ha collezionato 18 presenze in campionato con il Querétaro FC, per un totale di 1 gol.