Yannik Wagner del Heidenheim ha collezionato 4 presenze, per un totale di 45 minuti. Tutte le sue presenze sono state da subentrato.
L'attaccante ha collezionato la sua ultima presenza il 13 gennaio, con l'Heidenheim: una sconfitta per 2-1 contro il Mainz, in cui ha giocato solo 9 minuti.
Il 20 settembre 2025 Wagner ha debuttato in Bundesliga, all'età di 18 anni e 134 giorni contro l'Amburgo. In totale, nella sua carriera in Bundesliga, ha collezionato 4 partite, senza gol e senza assist.