Markus Schubert del Paderborn non ha disputato nessuna delle 22 gare che il suo club ha disputato finora in 2. Bundesliga nel 2025/2026.
L'ultima partita di Schubert in campionato risale al 22 febbraio 2025, gara in cui ha giocato 90 minuti con la maglia del Paderborn contro l'Hannover, nel pareggio per 1-1.
Nella prossima partita di 2. Bundesliga, il 22 febbraio, il Paderborn dovrà giocare una gara casalinga contro l'Hertha BSC.
Schubert ha giocato 12 partite di 2. Bundesliga nell'ultima stagione con il Paderborn, gare in cui ha mantenuto 3 volte la porta inviolata.
Prima di cominciare l'esperienza con il Paderborn nel luglio 2024, Schubert ha collezionato 21 presenze in campionato con il Vitesse.
Ha debuttato in 2. Bundesliga con il suo club attuale, il Paderborn, durante la gara contro il Colonia il 25 ottobre 2024, ma il suo primo incontro nella competizione è stato il 25 gennaio 2018 come titolare con Dynamo Dresden nella partita contro il St. Pauli, all'età di 19 anni e 227 giorni. In generale, in 2. Bundesliga, il portiere ha fatto 52 presenze, con 14 clean sheet.