Matteo Ruggeri dell'Atalanta è sceso in campo nella maggior parte delle gare della sua squadra in Serie A nel 2024/2025, avendo collezionato 30 presenze, per un totale di 1748 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in 19 di queste presenze, su 38 giornate, ed è entrato a gara in corso 11 volte.
La sua ultima partita in Serie A risale al 25 maggio, gara in cui ha giocato 90 minuti con la maglia dell'Atalanta contro il Parma, nella sconfitta per 3-2. In totale il centrocampista ha registrato 3 assist in questo campionato.
Nella passata stagione di Serie A Ruggeri ha giocato 34 partite con l'Atalanta, gare in cui ha fornito 4 assist vincenti.
Ruggeri è tornato a giocare con l'Atalanta nel luglio 2022 dopo un'esperienza in prestito con la Salernitana, con cui ha collezionato 14 presenze in campionato.
Il centrocampista ha fatto il suo esordio in campionato con l'Atalanta l'8 novembre 2020 come titolare contro l'Inter all'età di 18 anni e 120 giorni. In generale in Serie A, ha giocato 99 partite, con 8 assist.