A undici giri dalla fine, con Jorge Martin in testa al gruppo davanti all'altra Ducati di Pecco Bagnaia, la direzione gara ha deciso di esporre la bandiera rossa e far rientrare i piloti ai box a causa della troppa pioggia.
Il pilota della Kawasaki scatterà dalla prima posizione, mentre i due contendenti partiranno dalla seconda fila. Tolto il tempo a Rinaldi, che parte 13°
Lo spagnolo della Ducati Pramac firma il nuovo miglior tempo di Motegi, conquistando per la seconda volta in stagione il primo posto nelle qualifiche; quarto Bezzecchi
